Algoritmo :: NeedlemanWunsch. algoritmo :: needlemanwunsch é um alinhamento de seqüência com pontuação configurável.
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Algoritmo :: NeedlemanWunsch. Classificação e resumo

Algoritmo :: NeedlemanWunsch. Tag

Módulo Perl. alinhamento seqüência Alinhamento de seqüência Pontuação configurável

Algoritmo :: NeedlemanWunsch. Descrição

Algoritmo :: NeedlemanMunsch é um alinhamento de seqüência com pontuação configurável. Algoritmo :: NeedlanemanWunsch é um alinhamento de sequência com pontuação configurável.Synopsis use algoritmo :: needlemanwunsch; sub score_sub {if (! @_) {return -2; # GAP Penalty} return ($ _ EQ $ _ )? 1: -1; } Meu $ matcher = algoritmo :: needlemanwunsch-> novo (score_sub); Minha pontuação de $ = $ matcher-> Align (@a, @b, {align => on_align, shift_a => on_shift_a, shift_b => on_shift_b, select_align => on_select_align}); Alinhamento de sequência é uma maneira de encontrar commons em dois ( ou mais) seqüências ou strings semelhantes de alguns itens ou caracteres. Exemplo de motivação padrão é a comparação das sequências de DNA e suas semelhanças e diferenças funcionais e evolutivas, mas o problema tem uma aplicabilidade muito mais ampla - por exemplo, encontrar a mais longa subsequência comum (isto é, diff) é um caso especial de alinhamento de seqüência. Conceitualmente, sequência O alinhamento funciona marcando todos os alinhamentos possíveis e escolhendo o alinhamento com pontuação máxima. Por exemplo, seqüências A T C T e T g a t podem ser alinhadas seqüência A: A T C - T | | | Sequência B: - T G A Sequência Tor: - - A T C T | | Sequência B: T G A - - (e exponencialmente muitas outras maneiras, é claro). Note que o Needleman-Wunsch considera alinhamentos globais, durante todo o comprimento de ambas as seqüências; Cada item é alinhado com um item da outra seqüência, ou corresponde a uma lacuna (que está sempre alinhada com um item - alinhando duas lacunas não ajudaria nada). Essa abordagem é especialmente adequada para comparar seqüências de comprimento comparável e um pouco semelhante ao longo de todos os seus comprimentos - isto é, sem longos trechos que não têm nada a ver um com o outro. Se suas seqüências não satisfizerem esses requisitos, considere o uso de alinhamento local, que, estritamente falando, não é necessado de Needleman-Wunsch, mas é semelhante o suficiente para ser implementado neste módulo também - veja abaixo os detalhes. O segundo alinhamento tem mais lacunas do que o primeiro, mas talvez seus A's são estruturalmente importantes e você gosta que eles se alinham tanto que você ainda preferiria o segundo alinhamento. Por outro lado, se C é "quase o mesmo" como g, pode ser o primeiro alinhamento que corresponda melhor. Needleman-Wunsch formaliza essas considerações em uma matriz de similaridade, atribuindo pagamentos a cada um (ordenado, mas a matriz é normalmente simétrica para que a ordem não seja importante) par de possíveis itens de sequência, além de uma penalidade de gap, quantificando a desejabilidade de uma lacuna. em uma sequência. Uma preferência de emparelhamentos sobre lacunas é expressa por um baixo (relativo aos valores da matriz de similaridade, normalmente negativo) penalidade gap. A pontuação de alinhamento é então definida como a soma, sobre as posições onde pelo menos uma sequência tem um item, da similaridade Os valores de matriz indexados pelo primeiro e segundo item (quando ambos são definidos) e penalidades de gap (para itens alinhados com uma lacuna). Por exemplo, se s é a matriz de similaridade e g denota a penalidade de gap, a sequência de alinhamento A: sequência ATATTCC B: Pontuação A - - - T Chas S + 3 * G + S + S . Quando a penalidade de gap é 0 e a semelhança uma matriz de identidade, ou seja, atribuir 1 a todas as correspondências e 0 a todas as incompatíveis, a Needleman-Wunsch reduz para encontrar a subsequência comum mais longa. O algoritmo para maximizar a pontuação é Uma aplicação padrão de programação dinâmica, computando a pontuação ideal de alinhamento de seqüências vazias e de 1 item e construí-lo até que todas as seqüências de entrada sejam levadas em consideração. Uma vez que a pontuação ideal é conhecida, o algoritmo traça de volta para encontrar as posições de lacunas. Note que, enquanto a pontuação máxima é obviamente única, o alinhamento com tê-lo em geral não é; A interface deste módulo permite que o aplicativo de chamada escolha entre diferentes alinhamentos ideais.Requirements: · Requisitos de Perl: · Perl.

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