Abra Babel. Um programa de química de plataforma cruzada e biblioteca projetados para converter formatos de arquivo
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Abra Babel. Classificação e resumo

Abra Babel. Tag

biblioteca Química Programa de Química Biblioteca de química Modelagem molecular interconvert

Abra Babel. Descrição

Um programa de química multi-plataforma e biblioteca projetada para formatos de arquivo convertido projeto Open Babel é projetado para pegar onde Babel parou, como um programa multi-plataforma e biblioteca projetada para interconvertem entre muitos formatos de arquivos usados na modelagem molecular e química computacional. Aqui estão algumas características-chave do "Open Babel": · Uma enorme variedade de formatos de arquivo químicos comuns, incluindo SDF / MOL, Mol2, PDB, SMILES, XYZ, CML ... (pormenores) · Reconhecimento de tipo de arquivo com base na extensão do arquivo · Apoio Chemical MIME · SMARTS matcher · Typer átomo flexível · Typer vínculo flexível para a percepção de múltiplas ligações de coordenadas atômicas · Cálculo carga parcial Gasteiger · A adição de hidrogénio e eliminação · Apoio Isotope, o cálculo das massas médias e exatas · Percepção recurso Automatic (anéis, laços, hibridização, aromaticidade) · Armazenamento confórmero múltipla dentro moléculas · Comando de conversão de linha para várias moléculas em um arquivo · Interface da Linha de comando · Classe Bitvector · Transformações vetor e matriz · Conjunto de testes Molecular · Open-source / Software Livre sob a licença GNU General Public · Plataformas (Windows, Linux, Mac OS X, SGI, Solaris, Dreamcast ...) O que há de novo nesta versão: · Este lançamento representa um grande lançamento de correção de bugs e é uma atualização estável, altamente recomendado para todos os usuários do Open Babel. Enquanto pode não haver muitos recursos novos, muitas falhas e outros bugs foram corrigidos desde 2.2.1. · Atualizado para o novo lançamento InChI 1,02 para produzir padronizado InChI e InChIKey saída. Corrigido muitos erros estereoquímica ao ler / escrever SMILES. Este faz parte de um projecto global que irá ser acabado na versão 2.3. · Compilação fixo e instalação em plataformas Cygwin e MinGW. · Melhorou significativamente a aromaticidade e atribuição de títulos Kekule. · Melhoria 2D -> 3D geração de coordenadas · Melhoria coordenar geração utilizando a operação de linha de comando --gen3d · Melhor desempenho para coordenar geração. · Nova --fillUC operação de linha de comando para babel. · Corrige a adição de hidrogénio dependente do pH. · Adicionado suporte para leitura de dados de vibração de arquivos de saída Molden, Molpro e NWChem. · Actualizado raios atômicos de cálculos teóricos recentes. Corrigido um erro ao ler arquivos Mol2 ou XML gzip comprimidos. · Fechar arquivos após um erro. Corrige um bug com Pybel onde os arquivos permaneceria aberto. Muitas correções de mais de bugs e pequenas melhorias de recursos. == New File Formats == Importação e Exportação: · Entrada e saída Molpro. · VASP coordenar arquivos (CONTCAR e POSCAR).

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