Ph Um programa para inferir haplótipos de genótipos
Baixe Agora

Ph Classificação e resumo

Ph Tag

análise haplótipo haplótipos estendidos Análise Haplótipo gerar genótipos interagentes criar genótipos interagentes genótipos de matriz de progênie filogenia População genética Análise do genótipo Análise de haplótipos haplótipos de cabra. 3 genótipos diploides

Ph Descrição

PPH foi desenvolvido para ser um programa para inferir haplótipos de genótipos para determinar se há haplótipos resultantes que encaixam um modelo de árvore (isto é, uma filogenia perfeita, um coalescente). Em mais termos genéticos da população, o PPH determina se um conjunto de genótipos SNP pode ser explicado por pares de haplótipos que poderiam ter evoluído em um coalescente sob o modelo de sites infinitos, infinitos. Portanto, determina para os dados do genótipo SNP quais são os três ou quatro jogos de gametas (dependendo se a árvore está enraizada ou não) determina para os dados do HAPLotype. No programa PPH, quando solicitado o formato dos dados de entrada, selecione um dos números 1 a 7, conforme explicado abaixo. O formato de entrada determina o formato de saída. passo a passo para usar este programa: 1. Digite "pph.exe" para iniciar o programa. 2. Por favor insira o nome do arquivo: Insira o nome do arquivo do arquivo que contém informações genótiadas ou HAPLotype. 3. Por favor insira o número do formato de arquivo: (Por favor, consulte o arquivo "Format.txt"): Este programa pode ler sete tipos diferentes de formatos. Por favor, consulte o arquivo "Format.txt" para mais informações sobre os formatos. O valor de entrada deve ser de 1 a 7. 4. Por favor, insira o nome do arquivo que mantém o vetor ancestral, isto é, o vetor binário especificando os estados do personagem na raiz da árvore. Existem dois casos especiais de particular importância. Se os estados ancestrais são todos 0, basta digitar "D" para o caso padrão; Se você não conhece os estados ancestrais, digite "M" para o vetor da maioria). Nesse caso, o programa determinará se há uma árvore desrotilada que poderia evoluir os genótipos fornecidos. 6. Um arquivo de saída será gerado. O nome do arquivo de saída é "Saída". Para obter informações sobre os formatos de saída, consulte o formato Format.txt 7. O programa também verifica a consistência da saída. Ou seja, verifica se cada par HAPLotype de saída corresponde mesmo ao vetor de genótipo de entrada correto. O programa relata o resultado desse passo de verificação.

Ph Software Relacionado