| Cvit. Ver cromossomos com a ajuda desta ferramenta |
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Cvit. Classificação e resumo
- Nome do editor:
- Ethalinda Cannon
- Tamanho do arquivo:
- 145 MB
Cvit. Tag
Cvit. Descrição
Cvit, curto para a ferramenta de visualização de cromossomo é projetado como um aplicativo Perl que pode ser usado para gerar imagens png rapidamente que mostram recursos em uma variedade de mapas ou em seqüências genômicas. É intencionalmente simples e não interativo, embora seja possível envolver o CVIT no interior, por exemplo, páginas da Web interativas. A entrada consiste em um ou mais arquivos de dados no formato GFF3. Os dados devem conter registros descrevendo um ou mais "cromossomos" (que poderiam representar um grupo de ligação, psuedomolécula, bac, contig, qualquer tipo de trecho contíguo de DNA, ou mesmo uma estrutura de proteína). Esses "cromossomos" são a backbone que os recursos são colocados. O CVIT exibirá qualquer sistema de coordenadas contíguas, incluindo pares base, centimorgans (mapas genéticos) e CentimCclIntoks (mapas citogenéticos). As coordenadas podem correr para frente (menor a maior) ou para trás (maior a pequenas). A saída consiste em uma imagem PNG do (s) cromossomo (s) e recursos, uma imagem da legenda e uma lista de coordenadas de recursos.
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