Cbcanalyzer. Inferir filogenia com base em alterações básicas compensatórias (CBCs)
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Cbcanalyzer. Classificação e resumo

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simular filogenias Simulação de filogenias estimar grandes filogenias Grande estimativa de filogenia Grande análise de filogenia mudança de base compensatória CT Transform. CBC Detectar Cttransform Cbcdetect. CBCTree

Cbcanalyzer. Descrição

O Cbcanalyzer (CBC = Change Base Compensatória) foi desenvolvido para ser uma caixa de ferramentas de software escrita personalizada que consiste em três partes, cttransform, cbcdetect e cbctree. A CTTransform lê vários formatos de arquivo CT (CT, Rnaviz CT ou Mac CT), e gera um formato chamado de 'Bracket-Dot-Bracket' 'que normalmente é usado como entrada para outras ferramentas, como RnaForester, Rnamovie ou Marna. O último cria um alinhamento múltiplo baseado em seqüências primárias e estruturas secundárias que agora podem ser usadas como entrada para CBCDetect. Herewith Contamos por CBCs em todos contra todas as sequências alinhadas, que é importante na detecção de espécies, discriminadas em sua incompatibilidade sexual. A matriz da contagem (distância) obtida pelo CBCDetect é usada como entrada para o CBCTree que reconstrói um filograma usando o algoritmo de BionJ.note: Cbcanalyzer está disponível gratuitamente para uso não comercial

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