jmotu. A análise de dados de sequência de DNA de código de barras facilitou.
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jmotu. Classificação e resumo

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jmotu. Descrição

O JMOTU é um pacote acessível e fácil de usar especialmente projetado para ajudá-lo a cluster dados de sequência de DNA de código de barras em unidades taxonômicas operacionais moleculares (MOTU). Se você não tem certeza do que é um motu, consulte as páginas de códigos de barras do DNA em nosso site. Jmotu faz o seguinte: · Lê sequências de entrada no formato FASTA ou NEXUS · Calcula as distâncias entre pares de sequências usando uma combinação de explosão e o algoritmo de alinhamento global exato de needleman-wunch · Clusters sequências de entrada para o MOTU usando várias medidas de corte O JMOTU pode processar conjuntos de dados grandes e usa uma série de etapas de filtragem para minimizar o número de alinhamentos globais exatos que devem ser executados. Ao calcular as distâncias de pares, o Jmotu ignora as lacunas e conta apenas mis-mis-nucleotídeos, tornando-se relativamente robusto para sequenciar erros causados por corridas homopolímeros. Clustering é realizado usando um algoritmo ganancioso que não depende da ordem de sequência de entrada. O Jmotu foi testado em conjuntos de dados brutos de cerca de 50.000 seqüências de entrada e pode agrupar conjuntos de dados maiores, pré-avaliando pré-formando submarinos de dados antes de combiná-los para uma análise global.

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