jmodeltest. Modelo Filogenético Média
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jmodeltest. Descrição

JModeltest é uma aplicação científica que pode realizar uma seleção de substituições nucleotídicas, útil na análise de DNA, com suporte para grandes pacotes de dados. É um projeto de plataforma cruzada de código aberto que destina aos alunos, professores, bem como pesquisadores no campo de DNA. A maior parte da análise é feita automaticamente, no entanto, o conhecimento avançado de nucleotídeos é esperado do usuário, principalmente para a interpretação dos resultados. O JModeltest depende do ambiente de tempo de execução do Java para ser executado com sucesso, mas essa é a única dependência que você precisa fornecer. Ele vem dentro de um pacote portátil, portanto, a instalação não é necessária. A interface do jmodeltest é bastante simples, mas as funções incorporadas dentro são de natureza mais complexa. A maior parte da GUI é dedicada à análise dos dados e aos relatórios que resultam desse processo, que, dependendo das informações contidas dentro do arquivo de origem, podem ser bastante longas. Existem cinco estratégias de seleção diferentes e estes são incorporados dentro do menu de análise, como se segue: AIC (Critério de Informação de AKIEKE), BIC (Bayesian Information Criterion), DT (Teoria da Decisão), Hlrt (testes de relação hierárquica) e média filogênica. Tudo isso pode ser configurado antes do processo de análise real; Por exemplo, você pode ajustar o intervalo de confiança ou definir o aplicativo para executar uma média de modelo. Para completar, você também pode instruir o programa a fazer uma cálculo de escore de probabilidade que depende de uma variação de taxa personalizável e um modelo de árvore base pré-selecionada. Em conclusão, o JModeltest pode economizar tempo e esforço que os cientistas investem na realização de operações de análise de DNA por meios tradicionais. No entanto, recomenda-se que os resultados sejam cuidadosamente verificados, apenas no caso. Avaliado por Andreea Matei, última atualização em 17 de agosto de 2014

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