O FastSimcoal é um aplicativo baseado em pequenos e simples, especialmente projetado para ajudá-lo a gerar eficientemente a diversidade genética a diferentes tipos de marcadores ao longo de grandes regiões genômicas, para amostras presentes ou antigas. Inclui um amostrador de parâmetros, permitindo sua integração no procedimento de estimativa de parâmetro Bayesian ou Provisbhood. O FastSimcoal pode lidar com cenários evolutivos muito complexos, incluindo uma matriz de migração arbitrária entre amostras, eventos históricos que permitem redimensionar a população, fusão populacional e fissão, eventos de mistura, mudanças na matriz de migração ou mudanças nas taxas de crescimento populacional. O tempo de amostragem pode ser especificado independentemente para cada amostra, permitindo a amostragem serial na mesma ou em diferentes populações.
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