Workbench do Spindel. Adquirir um método para identificação de espécies em todos os domínios da vida usando a análise multiplex.
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Workbench do Spindel. Classificação e resumo

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Workbench do Spindel. Descrição

O Spindel é uma abordagem alternativa para a identificação biológica com base no comprimento das regiões do gene rNA (RRNA) rNA (RRNA). Em geral, os alinhamentos das sequências de genes RRNA primário de diferentes espécies mostram regiões alternadas de conservação e variação de nucleotídeos, tanto em termos de substituições de nucleotídeos (comumente chamadas de eventos de "snps") e inserção / exclusão (índice). A presença de indels resulta em sequências de diferentes comprimentos e introduz lacunas no alinhamento, tipicamente denotadas por um traço "-". Nosso conceito de identificação biológica usa seqüências de genes RRNA da seguinte forma: as regiões conservadas são usadas para definir segmentos variáveis ("regiões hiperváriáveis do Spindel") em que uma combinação de comprimentos de seqüência é característica de cada espécie (um "perfil do spodel"). Assim, cada espécie pode ser definida por um perfil numérico único. Em teoria, uma pesquisa de apenas 6 regiões hipervaríáveis com 20 alelos cada (ou 11 regiões com 5 alelos cada) é suficiente para discriminar todas as espécies eucarióticas na Terra, que são estimadas entre 5 e 15 milhões em número. Na prática, o Spindel é capaz de discriminar 93,3% de espécies eucarióticas com baixa variação intraespecífica e alta resolução filogenética.

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