Wh. um programa de computador que realiza o ajuste de um modelo de especiação
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Wh. Classificação e resumo

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Dell Computer Model. seqüência encaixe normal Sequência de DNA apropriado Análise de DNA. DNA. encaixe estocástico Especiação parapatric Modelo de isolamento. isolamento encaixe de dados. encaixe de superfície

Wh. Descrição

OK foi desenvolvido para ser um programa de computador que realiza o encaixe de um modelo de especiação e realiza testes da qualidade do ajuste desse modelo. O modelo de especiação é chamado de modelo de isolamento e é um sem fluxo genético. Com dados comparativos de sequência de DNA de cada uma das duas espécies intimamente relacionadas, o método permite uma estimativa do tempo desde a especiação e o tamanho da espécie ancestral. O modelo de isolamento assume o seguinte: - Duas espécies, ou populações, a partir do qual os dados foram amostrados, surgiram de uma única espécie ancestral, ou população, algum tempo, gerações t, no passado. - a espécie ancestral comum, ou população era de tamanho efetivo constante na. - As duas espécies descendentes (populações) têm tamanhos efetivos constantes N1 e N2, respectivamente. - Exceto pelo momento da separação da população no tempo, os tamanhos da população são constantes. - Desde a separação da população, há fluxo genético zero entre as espécies (populações). - Todas as mutações são neutras. O arquivo do programa deve residir na mesma pasta que o arquivo de dados ou em uma pasta automaticamente pesquisada pelo sistema operacional. O programa pode ser executado usando parâmetros de linha de comando ou simplesmente digitando o nome do programa ('wh'). Se os parâmetros da linha de comando não forem usados, o programa solicitará os valores dos parâmetros de tempo de execução. O usuário inicia o programa simplesmente indo para a pasta onde existe o arquivo de dados e digitando o nome do programa (por exemplo, 'sites') seguido pela tecla ENTER. O programa solicita várias perguntas sobre o arquivo de dados e a análise desejada. Quase todos os comandos e opções também podem ser inseridos usando parâmetros de linha de comando. O programa pode ser iniciado com ou sem o uso de instruções na linha de comando. Sem instruções de linha de comando - basta digitar 'wh' no prompt. O programa solicitará informações básicas. Em um PowerPC, clicar no ícone do programa abre uma pequena janela na qual os parâmetros da linha de comando podem ser inseridos. O usuário também pode apenas acertar o retorno neste ponto e o programa solicitará parâmetros de tempo de execução. Parâmetros de linha de comando: Digite e entre wh -d'datafilename '-r'resultsfilename' -n'numsims '-l'dtype' -A'ransed ' Onde: 'DataFilename' é o nome de um arquivo de dados que está na mesma pasta que o programa 'ResultsFileName' é o nome do arquivo que será criado para conter os resultados. O arquivo de resultados será gerado com uma extensão de '.WH' 'Numsims' é um número inteiro do número de simulações a serem executadas. O encaixe do modelo básico não requer simulações. Se esse valor não for zero ou em branco, o arquivo de dados deve ter as informações necessárias sobre as taxas de recombinação. 'ldtype' conta o programa que tipo de valor do desequilíbrio de ligação para calcular. Esta opção requer que as simulações sejam feitas e que o arquivo de dados inclua informações sobre recombinação e valores de LD observados. O 'ldtype' deve corresponder à medida de desequilíbrio de ligação usada para gerar o arquivo de dados. 'ldtype' pode assumir os seguintes valores: 'R' invoca o coeficiente de correlação 'S' invoca r ^ 2, a praça do coeficiente de correlação 'D' invoca a medida de desequilíbrio gamético básico D 'P' invoca o d 'que é igual a d / dmax, onde o DMAX é o valor máximo possível de d dadas as frequências alelos observadas. 'B' invoca o valor absoluto de d, | d | "Ranseed" é uma semente de número aleatório e geralmente não é necessária, a menos que o usuário deseja repetir exatamente as simulações.

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