Voroprot. uma ferramenta para a análise de características geométricas da estrutura da proteína
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Voroprot. Classificação e resumo

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Voroprot. Descrição

A capacidade de analisar e visualizar características geométricas da estrutura de proteína tridimensional (3D) é fundamental para estudos de dobragem de proteína, embalagem de resíduos, ancoragem, interações proteicas-proteína, etc. Algumas das estruturas de dados geométricas avançadas possibilitam uma análise de maneira abrangente. Com este objetivo em mente, desenvolvemos voroprot, uma ferramenta interativa para a análise de características geométricas da estrutura proteica. Em particular, decidimos fornecer alguns dos métodos geométricos, não incluídos em outros pacotes de software semelhantes. Construções VoroProt e exibe o Diagrama de Apollonius (também conhecido como Diagrama Voronoi de Esferas) e Gráfico de Apollonius (também conhecido como triangulação de Delaunay de esferas) de átomos proteicos, considerando cada átomo para ser uma esfera 3d de van der waals raio. O voroprot deriva as superfícies de contato de átomos de proteína e superfícies acessíveis ao solvente do diagrama de Apollonius e permite a sua visualização. Além disso, pode encontrar e exibir cavidades dentro da estrutura da proteína. Para construir o diagrama de Apollonius no voroprot, utilizamos nossa própria implementação de algoritmo, que podem ser aplicadas não apenas para átomos de proteína, mas também para qualquer conjunto de pontos ou esferas em 3D. Dê uma tentativa de avaliar totalmente suas capacidades!

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