Treefit. Análise de dados genéticos facilitada.
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Treefit. Classificação e resumo

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Treefit. Descrição

Árvores evolutivas são freqüentemente usadas para descrever relações genéticas entre populações. As árvores hierárquicas, bifurcantes são um modelo razoável para a evolução das seqüências de DNA e espécies, mas podem ou não ser apropriado para descrever a estrutura populacional nas populações conectadas pelo fluxo genético. Por exemplo, se as populações estiverem dispostas em um padrão de piso de pedra, as relações genéticas entre populações não seguirão um padrão hierárquico, e as tradicionais árvores de junção ou upgma podem não ser ferramentas apropriadas para descrever a estrutura dessas populações. TreeFit é um aplicativo simples desenvolvido para ajudá-lo a analisar o quão bem uma árvore se encaixa nos dados genéticos que a árvore foi calculada. Treefit cria junção de vizinhos e árvores de upgma de uma matriz de distância genética e, em seguida, compara a distância genética observada entre populações com a distância genética na árvore. A semelhança entre essas distâncias é expressa como r-quadrado, a estatística familiar usada para resumir a dispersão de pontos em torno de uma linha de regressão de mínimos quadrados.

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