Treefinder. calcula árvores filogenéticas de sequências moleculares
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Treefinder. Classificação e resumo

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Treefinder. Descrição

O aplicativo TreeFinder calcula árvores filogenéticas de sequências moleculares. O programa infere até mesmo grandes árvores pela máxima probabilidade sob uma variedade de modelos de evolução da seqüência. Aceita dados de nucleotídeos e aminoácidos e leva em conta a heterogeneidade da taxa. Os modelos separados podem ser assumidos para partições de dados definidas pelo usuário, taxas separadas, comprimentos de borda separados, composições de caracteres separadas. Todos os parâmetros podem ser estimados a partir dos dados. A pesquisa de árvores pode ser guiada por restrições topológicas fornecidas pelo usuário e iniciar árvores. Há um modelo proponente para propor modelos apropriados de evolução da sequência. A confiança das árvores inferidas pode ser avaliada por bootstripes paramétricas e não paramétricas, vários testes de sítios pareados (ELW, BP, KH, SH, WSH, AU), também em combinação com critérios de informação, suporte de borda por LR-ELW. Há ferramentas para manipular árvores e dados de sequência, visualize frequências básicas, compute consenso e distância, contam topologias. Limites de confiança e outras estatísticas podem ser obtidos para todos os resultados numéricos. O programa pode estimar os tempos de divergência por alisamento de taxa. Uma interface gráfica do usuário faz o uso do treefinder muito intuitivo. Arquivos de dados e parâmetros de reconstrução podem ser escolhidos interativamente, os resultados serão exibidos na tela. O TreeFinder é programável no TL funcional e independente do sistema TL, que oferece uma ampla gama de funcionalidades e permite que o pesquisador crie aplicativos específicos de problemas. Partes do software são escritas em TL e podem ser modificadas pelo usuário. A linguagem do treefinder O TL é uma linguagem de programação de uso geral com inúmeras ferramentas especializadas para lidar com dados biológicos. Ele serve como uma interface de programação do programa treefinder. Este manual está dando uma visão geral do TL. O que faz o TL diferente de outras linguagens de programação é que ele suporta uma variedade de estilos de programação. A qualquer momento, um programador pode escolher o estilo de programação que é o mais poderoso em uma determinada situação.

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