Tagsorter.

tagsorter é um programa de banco de dados construído para simplificar a agrupamento, classificação, comparação e identificação de seqüências de etiquetas Sage
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Tagsorter. Classificação e resumo

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Tagsorter. Tag


Tagsorter. Descrição

Tagsorter é um programa de banco de dados construído para simplificar a agrupamento, classificação, comparação e identificação de seqüências de tags sábio. A análise serial da expressão gênica (sábio) é uma alta através da técnica para medir os perfis de expressão gênica (Velculescu et al, 1995). Revela tanto a identidade de transcrições expressas quanto sua abundância relativa. Também pode ser usado como meio de descoberta genética. O uso do sábio cresceu desde a sua invenção em 1995 e os perfis de expressão gênica foram gerados a partir de uma variedade de tecidos e organismos. Uma breve visão geral da técnica sálvia é a seguinte. O RNA de mensageiro é colhido do tecido experimental e é convertido em cDNA de cadeia dupla de tal forma que a cauda polia de cada mensagem é rotulada pela biotina. Este cDNA é digerido com a enzima NLAIII de restrição e usando a etiqueta de biotina Os produtos de digestão de 3'maioria de NLAIII são capturados. Um adaptador de local de restrição BSMFI é então ligado a esses fragmentos. O BSMFI se classifica ADN em uma posição aproximadamente 14 pares de base do seu local de reconhecimento. Isso resulta em tags de sequência resistentes (EST) de uma posição definida dentro de cada uma das transcrições de mRNA presentes no tecido original. Esses fragmentos são então ligados juntos para formar um concatemer de EST que são clonados em um vetor plasmídeo padrão e sequenciados. Cada clone pode conter identificar tags para até sessenta transcrições de mRNA. Como a posição relativa de cada tag é conhecida e consistem em 10 pares de base de sequência de romance, uma vez que o local de NLAIII é excluído, que identificam exclusivamente a transcrição de mRNA da qual foram geradas.


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