TRONCO Estimativa de árvores de espécies usando a máxima probabilidade
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TRONCO Classificação e resumo

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TRONCO Descrição

O caule foi desenvolvido para ser um programa para inferir árvores de espécies máximas da probabilidade de uma coleção de árvores genéticas estimadas sob o modelo coalescente. O programa retornará a árvore ML exata, calculará a probabilidade de uma árvore especificada pelo usuário ou procurar um conjunto de árvores mais altas de probabilidade. O método para procurar o espaço das árvores é um algoritmo de recozimento simulado. A haste requer vários arquivos de entrada. O primeiro destes é o arquivo que dá a informação Para as árvores genéticas, que devem ser chamadas de genetrees.tre. Este arquivo contém as árvores genéticas com comprimentos de ramo em formato newick. As árvores genéticas devem estar enraizadas e devem satisfazer o relógio molecular, embora o programa não verifique isso (provavelmente receberá um erro ou será executado indefinidamente se esse não é o caso). Diretamente na frente de cada gene árvore é um número dentro dos colchetes quadrados que fornecem o multiplicador de taxa para cada gene.

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