| Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Stepp é uma ferramenta de peptídeos proteotípicos avaliando. |
Baixe Agora |
Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Classificação e resumo
- Nome do editor:
- Pacific Northwest National Laboratory
- Sistemas operacionais:
- Windows XP/2000/98
- Tamanho do arquivo:
- 711KB
Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Tag
Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Descrição
O software Stepp contém uma implementação de um SVM treinado (suporte de vetor de suporte) que pode calcular uma pontuação representando como "proteotípico" um peptídeo é por LC-MS. O programa pode ler um arquivo de proteína, realizar uma digestão no silico e calcular a pontuação de observação para cada peptídeo tríptico ou parcialmente tritípico. Observe que as pontuações maiores (positivas) significam que um peptídeo é previsto para ser mais proteotípico enquanto os escores inferiores (negativos) significam que o péptido não é previsto para ser proteotípico. O modelo SVM usado pela Stepp é um espaço de descritor simples com base em 35 propriedades de conteúdo de aminoácidos, carga, hidrofilicidade e polaridade para a previsão quantitativa de péptidos proteotípicos. O modelo foi treinado e validado com três bancos de dados Amt derivados independentemente (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). O SVM resultou em uma medida média de precisão de 0,8 com um desvio padrão inferior a 0,025.
Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Software Relacionado