Sweblast. divide uma seqüência de consulta ou sequências
Baixe Agora

Sweblast. Classificação e resumo

Sweblast. Tag

inquerir dividir seqüência Sequência HLA sequência Biosystem Sequência CRLF. seqüência dividida seqüência de cromatrograma seqüência de alíquotas. sequência de consulta dividir seqüência seqüência de aligh Shader de sequência seqüência de banco de dados. sequências polipeptídicas sequências divide

Sweblast. Descrição

Swebblast (explosão baseado na Web da janela deslizante) é um programa de linha de comando escrito em Perl para uso no Windows, Linux e Mac. O principal componente do Swebblast.pl, dividirá uma seqüência de consulta ou sequências, fornecidas em formato FASTA, em uma série de subseqüências de comprimento e sobreposição escolhidas e envia estes sucessivamente para a instalação de explosão do Genbank. Os resultados da pesquisa são coletados em um único arquivo, blast.txt, em uma subpasta. Isso é analisado pelo segundo componente, Swebblast_Parser.pl e os resultados colocados em uma subpasta como uma série de arquivos CSV a serem examinados usando um programa padrão de planilha, como o Excel. Para ver os argumentos ou opções disponíveis, pode-se executar o programa usando a opção -Help perl swebblast.pl -help. -Help ou -h: mostre esta mensagem. -Introduza ou -i: arquivo de entrada (dados). -Output ou -o: pasta de saída (opcional). -Window ou -w: Comprimento da janela padrão 100 (opcional). -Step ou -s: comprimento de passo - padrão 50 (opcional). -Database ou -d: Banco de dados Genbank a ser pesquisado - padrão NR (opcional). -Programa ou -p: programa a ser usado: blastn, blastp, blastx - default blastn (opcional). -Expect ou -e: espere (opcional). -Entrez ou -q: consulta entrez (opcional) comando booleano para limitar a pesquisa explosiva (por exemplo, vírus não batata vírus y "). -Parse ou -r: chamar sweblast_parser.pl (opcional). -cutoff ou -c: descartar os hits com um valor eletrônico maior (opcional). ou use o menu interativo executando o programa sem argumentos e siga o prompt: perl swebblast.pl.

Sweblast. Software Relacionado