Simcoal Simule a diversidade genética molecular com a ajuda desta ferramenta.
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Simcoal Classificação e resumo

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Simcoal Descrição

Simcoal é um aplicativo prático e fácil de usar especialmente projetado para ajudá-lo a simular a diversidade genética molecular em um número arbitrário de populações haplóides examinadas para um conjunto de loci totalmente vinculados. Baseia-se na abordagem coalescente retrospectiva inicialmente descrita por Kingman (1982b; 1982a), e claramente exposta em uma série de outros documentos (Ewens 1990; Hudson, 1990; Donnelly e Tavaré, 1995). A abordagem de reposição coalescente não simula a história genética de toda a população, como nas simulações convencionais para a frente, mas também reconstrói a gene genealogia (história coalescente) de amostras de genes extraídas de diferentes demes em uma população. Para genes neutros, este processo coalescente depende essencialmente da história e na demografia da população, e é independente do processo mutacional. Este programa simula mutações a partir do ancestral comum mais recente (MRCA) de todos os genes da amostra, e adiciona-os independentemente em todos os ramos da genealogia assumindo um processo de poisson uniforme e constante. Usando esta abordagem de duas etapas (mutação de coalescência), muitas repetições de amostras haplóides de seqüências de DNA, RFLP ou dados de microssatélite podem ser simuladas muito rapidamente. A análise de um grande número de amostras simuladas permite obter a distribuição empírica de praticamente qualquer estatística que possa ser derivada de dados genéticos, incluindo estatísticas para as quais nenhuma derivação analítica está disponível (Hudson, 1993). As aplicações típicas do programa incluem o estudo do efeito de demografias complexas sobre o padrão de diversidade genética dentro e entre populações, como no caso de gargalos, casos complexos de mistura ou sistemas de metapopulação. Embora este aplicativo gere amostras de genes ou haplótipos, os dados diplídeos possam ser gerados sob a hipótese do equilíbrio Hardy-Weinberg, tomando pares aleatórios de haplótipos para formar genótipos diplóides

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