SSA. Um programa para inferir filogenia máxima de probabilidade de seqüências de DNA
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SSA. Descrição

A SSA foi desenvolvida para ser um programa para inferir filogenia máxima de probabilidade de seqüências de DNA. Duas versões do programa estão disponíveis: aquela que assume um relógio molecular e um que não faz essa suposição. O método para pesquisar o espaço de árvores para a árvore ML é baseado em um algoritmo de tipo de recozimento simulado e é descrito na referência acima. O programa implementa o modelo F84 de Felsenstein de substituição de nucleotídeos e sub-modelos associados. O programa estima que a árvore de ml e os comprimentos de ramo e possam opcionalmente estimar a taxa de transversão / transversão. Após a rescisão, o programa retorna as árvores k de maior probabilidade encontrada durante a pesquisa, onde k pode ser definido pelo usuário.

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