Prody. Pacote de Python de código aberto para análise de dinâmica estrutural de proteína
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Prody. Classificação e resumo

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Prody. Descrição

Pacote de Python de código aberto para analisar a dinâmica estrutural de proteína O PRODY é um pacote de python gratuito e aberto para analisar a dinâmica estrutural de proteína. Permite análise quantitativa de conjuntos de dados e comparação estruturais experimentais heterogêneos com dinâmica conformacional teoricamente prevista. Ele é projetado e desenvolvido por Ahmet Bakan no Laboratório da Bahar na Universidade de Pittsburgh. A entrada para Prody são as coordenadas atômicas da proteína de consulta no formato de arquivo PDB ou simplesmente o ID do PDB ou a sequência de aminoácidos de letra única da proteína. Analisadores Prody rápidos e flexíveis são usados para recuperar o conjunto de dados correspondente de arquivos PDB do servidor FTP PDB e extrair seus dados de coordenadas e outras informações relevantes. Produpa os padrões dominantes na variabilidade estrutural extraídos pela análise de componentes principais (PCA) dos conjuntos de dados experimentais, e os modos normais descrevendo a dinâmica intrínseca de proteínas previstas pela análise do modo normal (NMA) com base nos modelos de rede elástica (ENMS).

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