A aplicação de Phyltest foi desenvolvida para ser um programa para análise de quatro clusters, teste de ramo de interiores, testes relativos da taxa e o cálculo do tempo de divergência e estimativa de distâncias médias de pares (e erros padrão) dentro e entre os aglomerados de seqüências. As seguintes análises podem ser realizadas com este programa: - Comparação de três árvores filogenéticas alternativas para quatro aglomerados monofiléticos de sequências (análise de quatro clusters; Rzhetsky, Kumar e Neu 1995). - Exame da hipótese nula de que um comprimento de ramo interior é significativamente maior que zero (teste de ramo de interiores; Rzhetsky e Nei 1992). - Estimativa de distâncias médias em pares (e erros padrão) dentro e entre aglomerados de seqüências. - Testes relativos da taxa e o cálculo do tempo de divergência.
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