Phylip. Um pacote de programas para infringir filogenias
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Phylip. Classificação e resumo

Phylip. Tag

árvore evolutiva parcimônia filogenia

Phylip. Descrição

O pacote de inferência de filogenia (Phylip) é um pacote de programas para inferir árvores evolutivas (filogenias). Os métodos que estão disponíveis no pacote incluem parcimônia, matriz de distância e métodos de probabilidade, incluindo árvores de bootstrap e consensos. Os tipos de dados que podem ser tratados incluem sequências moleculares, freqüências genéticas, locais de restrição e fragmentos, matrizes de distância e caracteres discretos. Os programas são controlados por meio de um menu, o que solicita aos usuários quais opções que desejam definir e permite que eles iniciem o cálculo. Os dados são lidos para o programa de um arquivo de texto, que o usuário pode preparar usando qualquer processador de texto ou editor de texto (mas é importante que este arquivo de texto não esteja no formato especial desse processador de texto - ele deve estar em "Flat ASCII" ou "Apenas texto" formato). Alguns programas de análise de seqüência, como o programa de alinhamento Clustalw, podem gravar arquivos de dados no formato Phylip. A maioria dos programas procura os dados em um arquivo chamado "Infile" - se eles não encontrarem este arquivo, pedirem ao usuário que digite o nome do arquivo do arquivo de dados. A saída é escrita em arquivos especiais com nomes como "Outfile" e "Outtree". As árvores escritas em "Outtree" estão no formato Newick, um padrão informal concordou em 1986 por autores de um número de grandes pacotes de filogenia. Obtenha a Phylip e experimente para avaliar totalmente suas capacidades!

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