O Pepfrag é um aplicativo java prático projetado para ajudá-lo a calcular massas de fragmentos peptídicos. O péptido é definido como polímeros curtos formados a partir da ligação, numa ordem definida, de -aminoácidos. A ligação entre um resíduo de aminoácidos e a próxima é chamada de ligação de amida ou uma ligação peptídica.
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