Metasim. Gerar coleções de leituras sintéticas com este aplicativo.
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Metasim. Classificação e resumo

Metasim. Tag

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Metasim. Descrição

O MetaSim é uma ferramenta útil especialmente projetada para ajudá-lo a gerar coleções de leituras sintéticas que refletem a composição taxonômica diversificada de conjuntos de dados metagenômicos típicos. Com base em um banco de dados de genomas dadas, o programa permite ao usuário projetar um metagenome especificando o número de genomas presentes em diferentes níveis da taxonomia do NCBI, e depois coletar leituras do MetaGenome usando uma simulação de diferentes tecnologias de sequenciamento . Um amostrador de população produz opcionalmente sequências evoluídas com base nos genomas de origem e uma determinada árvore evolucionária. Os conjuntos de dados resultantes podem ser usados como cenários de teste padronizados para planejamento de projetos de sequenciamento ou para montador de benchmarking e software metagenômico. Principais características: Integra um banco de dados para sequências do genoma de origem gera conjuntos de leituras sintéticas ou pares de mate com base em modelos de erro de sequenciamento adaptável (por exemplo, para a Sanger Química, a Roche's 454 e Illumina (ex-Solexa) Permite que o usuário configure os valores de abundância para cada organismo para modelar composições específicas do táxon fornece um amostrador de população para gerar sequências evoluídas com base nos genomas de origem e em uma determinada árvore evolucionária pode ser controlado via interface gráfica do usuário ou no modo de linha de comando

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