MatrixGen é um aplicativo BioInformatics projetado para ser usado para gerar matrizes de pontuação da análise de conjuntos de dados de aminoácidos alinhados e DNA. Essas matrizes podem então ser usadas por um programa de alinhamento para gerar um alinhamento mais preciso. Existem muitos algoritmos para determinar a similaridade de proteína e alinhando proteínas. Há também muitos programas para fazer isso. MatrixGen não é um programa de alinhamento. No entanto, interopera com programas de alinhamento para fornecer um alinhamento mais preciso. A ideia por trás da matrixgen é criar uma matriz especificamente para a proteína que você está alinhando usando um conjunto de dados de proteínas muito semelhantes. A matrixgen também gerará matrizes de distância e dará a você outras estatísticas úteis sobre o seu conjunto de dados.
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