O Malign é um aplicativo baseado em prompt de pequeno comando projetado para oferecer a você alguns procedimentos de alinhamento múltiplos que são paralelos próximos para aqueles usados para procurar cladosgramas mínimos de comprimento. As topologias de alinhamento são construídas através de seqüências diferentes e melhoradas através da troca de filiais. Cada topologia de alinhamento produz um alinhamento múltiplo e cladosgramas são construídos a partir desse alinhamento. O custo do cladograma mais parcimonioso é então atribuído como o custo de alinhamento múltiplo.
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