Hon-new. Um método para computação de distâncias não sínisas conservadoras e radicais
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Hon-new. Classificação e resumo

Hon-new. Tag

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Hon-new. Descrição

O aplicativo HON-NOVO foi projetado para estimar distâncias não sínises conservadoras e radicais entre seqüências de DNA de codificação de proteína. O método é modificado do método original de Hughes, OTA e NEI (1990), levando em conta o viés de transição. Três tipos de classificações de aminoácidos (carga, polaridade e a de Miyata e Yasunaga) são fornecidos. Pode-se também definir mudanças conservadoras e radicais de aminoácidos por si mesmo. Pode-se definir grupos de aminoácidos para que mudanças entre os grupos sejam radicais e dentro dos grupos são conservadores. Para fazer isso, crie um arquivo chamado self.div. Neste ficheiro, a primeira linha deve ser os grupos de aminoácidos (por exemplo, no caso de carga, existem três grupos ), a segunda linha é o número de aminoácidos no primeiro grupo, um espaço e os aminoácidos no grupo. O código de uma letra de aminoácidos deve ser usado. A próxima linha será a informação para o segundo grupo. Um só precisa inserir as informações dos primeiros grupos N-1, se houver n grupos no total, porque o último grupo pode ser derivado das informações dos primeiros grupos N-1.

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