Hka Um programa de computador que realiza o teste estatístico amplamente utilizado
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A HKA foi desenvolvida para ser um programa de computador que realiza o teste estatístico amplamente utilizado para seleção natural que foi desenvolvido por Hudson, RR, M. Kreitman e M. Aguade (1987 um teste de evolução molecular neutra baseada em dados nucleotídicos. Genética 116: 153-159). Este programa pode lidar com números muito grandes de locais e tamanhos de amostra e conduz testes por meio da simulação coalescente, bem como pela aproximação do qui quadrado convencional. As simulações também podem ser usadas para realizar outros testes de seleção natural, incluindo testes da estatística D de Tajima (1989) e a estatística D de Fu e Li (1993). racional O teste de HKA é baseado na previsão mais básica do modelo neutro de evolução molecular, que o polimorfismo de sequência de DNA dentro de uma espécie e a divergência da sequência de DNA entre as espécies, será proporcional à taxa de mutação neutra (Kimura, 1968, 1969). Para essas expectativas básicas, devemos acrescentar esse polimorfismo também depende do tamanho efetivo da população e que a divergência também depende do tempo desde a especiação. Quando consideramos que os dados coletados de duas espécies, e de vários loci, esperamos que todos os loci dentro de uma espécie compartilharão o mesmo tamanho eficaz da população, e esperamos que cada locus, independentemente de espécies, terá uma taxa de mutação neutra característica (dependendo do seu comprimento e nível de restrição seletiva). Assim, podemos considerar dados sobre polimorfismo e divergência em forma de uma tabela de contingência (Figura 1). Também podemos construir uma tabela semelhante dos valores esperados, cada uma uma função dos parâmetros básicos do modelo que são adequados aos dados. Esses parâmetros são: T - o tempo desde a divergência da espécie F - A proporção das duas espécies de tamanhos de população eficazes. Theta_i = 4n1 u_i - a taxa de mutação populacional para locus i em espécies 1, onde N1 - o tamanho da população eficaz da espécie 1 e u_i é a taxa de mutação neutra no locus i. Há um parâmetro Theta para todos os locus.

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