Gz-gamma. Estimativa do número esperado de substituições em cada local de aminoácidos
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Gz-gamma. Classificação e resumo

Gz-gamma. Tag

seqüência estimativa ácido Sequência de DNA Estimativa de tempo Titulação ácida DNA. fonte ácida Estimativa de disparidade Transação ácida Estimativa FDR. Encontre aminoácido. Finder de aminoácidos. pesquisar aminoácido Analisador de aminoácidos. sequência de aminoácidos. aminoácido Tradutor de aminoácidos extrair aminoácido. Estimativa de desempenho Estimativa de osmose solução de ácido resíduo de aminoácido. aminoácido ideal analisar aminoácido. ácido nucleico Contagem de substituições Número analisar par de aminoácidos Análise de par de aminoácidos Grande estimativa de filogenia Análise de seqüência de aminoácidos Analise a sequência de aminoácidos Classificação de aminoácidos. Topologia de aminoácidos. Análise aminoácida. Relação Filogenética Aminoácido detector de aminoácidos detectar aminoácido Estimativa de esforço Analisar a cadeia de aminoácidos Loops de ácido esperado retorno esperado Acid Pro ácido Pro 7

Gz-gamma. Descrição

Gz-gama foi desenvolvido para estimar o número esperado de substituições de cada local de aminoácido (nucleotídeo), e o parâmetro de forma gama para a variação da taxa entre locais, utilizando uma combinação de inferência de sequência ancestral e estimativa máxima de probabilidade, quando as relações filogenéticas destes seqüências homólogas são conhecidas. Este pacote contém dois programas: GZ-AA.EXE para sequências de aminoácidos e GZ-DNA.EXE para seqüências de DNA, que são codificadas na linguagem C. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada que contenha as sequências de aminoácidos (ou nucleotídeos) e a topologia da árvore dessas seqüências (consulte ATP6.AA por exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de sites de aminoácidos ou nucleotídeos (comprimento da seqüência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Cada seqüência deve ocupar uma linha sem qualquer interrupção. Apenas as letras (capitalizadas) para os 20 aminoácidos (ou 4 nucleótidos) são permitidas nas sequências. As lacunas ou quaisquer outros símbolos deveriam ter sido removidas. A última linha do arquivo é a topologia da árvore das seqüências. O formato da árvore é o mesmo usado no pacote de Phylip. Observe que a árvore é desrotada, então a tração em vez de bijar é necessária para o nó ramificado mais profundo

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