| Grinder. Ferramenta para gerar bibliotecas aleatórias de amplicon e espingarda |
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Grinder. Classificação e resumo
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Grinder. Descrição
é uma ferramenta BioInformatic de código aberto para criar bibliotecas de sequência de espingarda artificial e amplicon com perfis de erro específicos: Simulated Sequencing Projects (como Flowsim), Metagenomos (como MetaSim) ou Datasetas de Pyrotag (16S RDNA). Recursos: * Número arbitrário de leituras e distribuição de comprimento de leitura * Simulação de vários erros de PCR e Sequenciamento: Chimeras, Mutações Point, Homopolímeros * Biblioteca de espingarda aleatória ou biblioteca de amplicon (por exemplo 16) * Suporte para criar conjuntos de dados de espingarda pareado * Abundância de classificação específica ou abundância especificada manualmente para cada genoma * Criação de conjuntos de dados independentes, que não compartilham nenhum genomas * Modelagem do viés criado por diferentes comprimentos de genoma * Personagens proibidos. * Requisitos de diversidade alfa e beta
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