Gnlab. Pipeline computacional para análise de rede genética em larga escala
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Gnlab. Classificação e resumo

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Gnlab. Descrição

O nome do GNLAB representa laboratório virtual de rede genética. O GNLAB foi desenvolvido para ser uma nova ferramenta de bioinformática para a análise em larga escala de redes reguladoras de genes (grns). Esta ferramenta de linha de comando C ++ suporta a análise da estrutura estática e do comportamento dinâmico de um grn. O RNLAB é desenvolvido para apoiar o design e a implementação de experimentos computacionais repetíveis em larga escala no GRNS. O GNLAB consiste em componentes separáveis para geração de rede, simulação, análise, visualização, comparação e inferência. Através do uso de um script definido pelo usuário, esses componentes podem ser colocados juntos para construir um pipeline de análise de grn. Cada componente pode ser invocado por uma opção de linha de comando. Principais características: Geração de rede: Três modelos de crescimento de rede estão disponíveis no Gnlab. Uma rede aleatória pode ser gerada pelo modelo ERDOS-RENYI (-r), o modelo (-f) sem escala ou o modelo Charleston-Ho (-g). O modelo Charleston-Ho é um modelo de crescimento de rede recém-proposto que é baseado em processos bem conhecidos na evolução do genoma. Este modelo é mostrado para capturar a estrutura topológica detalhada dos grãos reais (ho e charleston, em preparação). Visualização de Rede: o GNLAB pode produzir arquivos de entrada para GraphViz, Geomi e Cytoscape. Esta funcionalidade pode ser invocada pela opção de linha de comando -V. Simulação de rede: Usando a cinética da colina, o padrão de expressão gênica de um grn pode ser simulado de forma determinística ou estocasticamente. Os dados para o perfil de expressão do gene da série de horário podem ser gerados pela opção de linha de comando. Os dados simulados são armazenados em um arquivo de texto com uma extensão ".data". Três tipos de conjuntos de dados de microarray podem ser simulados pelo GNLAB: série de tempo, perturbação do gene e conjuntos de dados específicos de condição. A opção de linha de comando é usada para invocar uma simulação de dados de microarray. Análise de rede: A estrutura estática de um GRN pode ser quantificada por uma coleção de recursos topológicos de rede. Um conjunto de 11 características topológicas é calculado no GNLAB. Comparação de rede: A semelhança topológica entre duas redes com o mesmo número de nós pode ser calculada no GNLAB. Uma comparação de rede é invocada através da opção de linha de comando -c. Um resumo de uma linha de diferenças topológicas entre as duas redes é emitido para o console. Inferência de rede: O GNLAB não executa a inferência de rede diretamente. No entanto, permite ao conjunto de dados do microarray que gera ser convertido no formato de entrada de Aracne e Banjo. Este processo é invocado pela opção de linha de comando -d.

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