Gene do ANC. Inferência de seqüências de genes ancestrais pelo método Bayesiano baseado em distância
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Gene do ANC. Classificação e resumo

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Gene do ANC. Descrição

O aplicativo ANC-Gene foi desenvolvido para ser uma pequena ferramenta de linha de comando para a inferência de seqüências de nucleotídeos ancestrais de genes de codificação de proteína de um conjunto de seqüências de dia cujas relações filogenéticas são conhecidas. O programa primeiro infere os aminoácidos pelo método bayesiano baseado em distância e depois infere as sequências nucleotídicas subjacentes fixando os aminoácidos inferidos. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada contendo as seqüências de DNA e a topologia da árvore dessas seqüências (consulte o rnase.seque por exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de nucleótidos por seqüência (comprimento da sequência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Apenas A, T, C, G, A, C e G são permitidos nas sequências. As seqüências devem ser alinhadas e lacunas ou quaisquer outros símbolos serem removidos. A última linha do arquivo é a topologia da árvore das seqüências. O formato da árvore é o mesmo que usado no pacote de Phylip (Felsenstein 1995). Note que a árvore é desrotada, então a tração em vez de biperação é necessária para o nó ramificado mais profundo.

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