Famd. Analise seqüências de DNA com esta ferramenta.
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Famd. Classificação e resumo

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Famd. Descrição

O DNA Fingerprinting (AFLP, Rapd, Issrs, etc.) trará inerentemente incertezas com eles, seja o ruído associado à técnica, ou erros feitos na pontuação, etc. Você pode marcar seus dados usando ausência / presença (0/1). Isso significa que você tentará particionar os pontos de dados sobre os quais você não tem certeza em ausências e presenças (para ser conservadoras, provavelmente ausências, em vez de presenças). Alternativamente, você pode permitir incertezas: (0 /? / 1). Isso permite que você tenha uma segunda olhada em seus dados e pergunte o impacto que esses dados ambíguos ou ausentes podem ter em sua análise. A FAMD é um pedido pouco, fácil de usar especialmente projetado para ajudá-lo a fazer isso. Especificamente abordando dados ausentes (ou ambíguos), a FAMD implementam o seguinte: · Mínimo / máximo / média (DIS) Cálculo de similaridade permitindo a estimativa da medida em que os dados ausentes podem afetar a análise. · Jaccard's, Dice, Familaridades SMC, Neili e Distâncias Euclidenos · Saída de matrizes a distância · Falta de reamplagem de dados · Estimativa do índice de Shannon por bootstrapping. · Upgma, NJ, rigorosos e maioria de árvores consensuais · Estimativa de suporte a r · PCOA (análise de coordenadas principal) e visualizador 3D com suporte de bitmap e metafile · Amova para todas as medidas de similaridade implementadas (dis) · Exportação de dados para vários formatos como Nexus, Projeto Arlequin, Hindex, Hickory (Bloco Nexus Alles), Genepop, Ntsyspc, Estrutura, Hindex. · Estimativa Bayesiana da população null alelo frequência e cálculo de distâncias interpusórias.

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