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FERA Descrição

Análise evolucionária Bayesiana Amostragem de árvores ou, simplesmente colocar, besta, é um aplicativo projetado para analisar seqüências moleculares. Uma descrição mais científica para o seu propósito seria que ele fornece os meios para reconstruir filogenias e também funciona como plataforma para testes de hipótese evolutiva sem condicionamento em uma única topologia de árvores. Ele é baseado no Java, uma dependência que não é baixada automaticamente durante o procedimento de instalação do programa. Se o Java não estiver presente no sistema, o produto não é iniciado.Funcionalidade e usabilidade quando a partir, a besta requer algumas configurações iniciais, que incluem fornecer um arquivo de amostra, definindo o número de cadeias e a escolha entre os parâmetros delta ou de temperatura. A parsing do pode demorar muito, especialmente se um computador específico for usado. Durante a operação, os recursos do sistema não são poupados, pois são colocados sob estresse perceptível, tanto a energia da CPU quanto o uso de RAM. Devido ao formato XML aceito pelo aplicativo, não há nenhuma tentativa de determinar o tipo de análise que pesquisadores deseja executar, mas oferece a possibilidade de selecioná-lo. De acordo com a documentação, há uma desvantagem para essa abordagem como modelos de construção não pode executar bem sob a estrutura de inferência de Markov Chain Monte Carlo (MCMC). Também no lado negativo, os dados devem ser inspecionados cuidadosamente porque depois de analisar a besta não apresenta uma resposta direta. Como tal, em alguns casos, alguns mexer são necessários para garantir que as informações sejam processadas corretamente. Conclusão O objecto é projetado como uma ferramenta científica e não aborda o usuário médio. Trabalhar com ele não é difícil, mas interpretando os resultados e certificando-se de que os dados foram processados corretamente requer um plano de fundo sólido na análise de seqüência molecular. Revisto por Ionut Ilascu, Última atualização em 22 de março de 2014

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