Dragão de dna. seqüência de DNA Software Contig Assembler
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Dragão de dna. Classificação e resumo

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Dragão de dna. Descrição

O DNA DRAGON é um utilitário de DNA avançado que pode lidar com mais de 100000 amostras de formatos de sequência (FASTA, EMBL, Genbank, etc.), formatos de arquivo de rastreio (SCF, ABI, AB1) e próximos formatos de arquivo de sequenciamento (Illumina, SFF, GFF , etc). Nota : O teste pode ser ativado usando o "botão de licença" no software. Principais características: lê os formatos de sequência mais populares: (FASTA, GENBANK, EMBL, SCF, ABI, AB1, SSF, próxima geração). Múltiplas características de aparagem: vetor, qualidade e comprimento aparar. Máquina de montagem rápida lida com projetos com mais de 100000 seqüências. Formatos de arquivo suportados: Arquivos de projeto: Projeto XML DNA DRAGON XML (* .xml) Formatos de arquivo de seqüência: EMBL (* .EB; *. EBI; *. EMBL) genbank (* .gb; *. gen; *. genbank; *. txt) FASTA (* .FA; *. FAS; FAST; *. FASTA; *. FS; *. FSA; *. fsta) Próxima geração Sequenciando formatos de arquivo: abi arquivos sólidos (* .gff) Arquivos Sólidos CSFASTA (* .csfasta) Solexa Compact ASCII Ler Formato, Lenço (s _ * _ Sequence.txt) illumina _seq.txt arquivos (* .txt) Illumina Fastq Arquivos (* .fastq) Illumina QSEQ Arquivos (* _Qseq.txt) 454 arquivos de fluxograma padrão (* .sff) Formatos de arquivo de alinhamento: Formato de Alinhamento / Mapa (SAM) Sequence (* .SAM) Formato de Alinhamento Binário (* .BAM) (* .BAM) traçar formatos de arquivo: scf (* .scf) abi (* .abi; *. ab1) Navegador Tree: Uma árvore de navegação de amostra faz a estrutura do projeto (contigs e amostras) muito claras. A partir daqui, as amostras são selecionadas, depois aparadas e montadas. aparar e desinterar recursos: Primer-Clipping Clipping de vetor com pseudocircularização automática (50 bases). Você pode detectar motivos putativos de vetor nas seqüências sem qualquer conhecimento prévio. seqüência de qualidade baseada em qualidade comprimento de comprimento Desfirmando: restaura as extremidades cortadas. Montagem e editor de contig: Várias opções para alterar os parâmetros de montagem estão disponíveis. A montagem rápida, baseada no índice de sequências com a classificação automática das seqüências dentro dos contigs (deslocamento e acabamento) torna o gerenciamento de projetos um prazer A revisão dos contigs (alinhamento de seqüência), isto é, comparação de bases com seus traços, e a exportação / cópia das sequências de consenso é quase auto-explicativa.

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