Dotplot. ferramenta de análise de plotagem de pontos
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Dotplot. Classificação e resumo

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Dotplot. Descrição

Para satisfação rápida, tente comparar duas sequências neurais de subunidade de receptores de acetilcolina nicotínica da SwissProt salva sob os nomes de arquivos A2 e A3. A interface é como qualquer outro programa do Windows. Use o menu pop-up de arquivo para carregar a sequência horizontal. Você recebe uma caixa de diálogo listando todos os arquivos no diretório atual. Selecione A2, então o programa fornece uma caixa de diálogo SeqInfo, o que lhe informa um pouco sobre a sequência que você acabou de carregar o IE. Seu nome, comprimento, formato de sequência e se é DNA, RNA ou proteína. Clique OK. Em seguida, repita para a seqüência vertical, escolhendo A3. Como na versão do MSDOS, há duas maneiras de calcular o Dotplot, descrito em detalhes abaixo. Para uma solução rápida, use a opção Identities no menu Desenhar pop-up. Os parâmetros padrão são um tamanho de janela de 10 e um limite de 6. Isso fornece uma linha diagonal em toda a tela. Tente ajustar o DOTPLOT clicando em parâmetros e definindo o limite para 1. Bonito, não é? Você pode até ver as três regiões transmembranas no meio da proteína e a transmembrão final no terminal C. Tente encontrar as repetições internas em um receptor de fator de crescimento epidérmico humano. Para fazer isso, carregue a sequência chamada EGFR como a sequência horizontal e vertical. Em seguida, defina os parâmetros como janela = 20 e limiar = 1. Carregue a matriz de pontuação Pam250.mat usando o menu pop-up de arquivo "Abra Matrix". O aplicativo Dotplot foi desenvolvido para ser uma ferramenta de análise de plotagem de pontos.

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