Convergem evolução convergente e paralela no nível da sequência de aminoácidos
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Convergem Descrição

Esta aplicação foi desenvolvida para testar a evolução convergente e paralela no nível da sequência de aminoácidos. Ele calcula as probabilidades que as substituições convergentes e paralelas observadas são atribuíveis à chance aleatória. Este pacote contém um programa: Converg2.exe, que é escrito na linguagem C. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada que contenha as seqüências de aminoácidos e a topologia da árvore dessas seqüências (consulte Lysozyme.AA por exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de sites de aminoácidos (comprimento da sequência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Apenas o código de uma letra (capitalizado) para os 20 aminoácidos são permitidos nas sequências. As seqüências devem ser alinhadas e lacunas ou quaisquer outros símbolos já serem removidos. A última linha do arquivo é a topologia da árvore das seqüências. O formato da árvore é o mesmo que usado no pacote de Phylip (Felsenstein 1995). Note que a árvore é desrotada, então a tração em vez de biperação é necessária para o nó ramificado mais profundo.

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