Conífera

calcule facilmente o número de leituras de sequenciamento
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Conífera Classificação e resumo

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  • Freeware
  • Nome do editor:
  • Niklas Krumm
  • Sistemas operacionais:
  • Windows All
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  • 8 KB

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Conífera Descrição

Conifer, também sabe como uma inferência de número de cópia da Exome Leite é uma ferramenta baseada em Python que usa dados de sequenciamento Exome para encontrar variantes de número de cópia (CNVs) e genótipo o número de cópias de genes duplicados. Como exome reações de captura estão sujeitas a viés de captura fortes e sistemáticas entre lotes de amostra, implementamos a decomposição do valor singular (SVD) para eliminar esses vieses em dados exômicos. A Conifer oferece a capacidade de misturar a sequência Exome de várias execuções experimentais, eliminando os vieses do lote. Juntamente com um alinhador de leitura curta, como o MrSFast, que pode alinhar leituras para vários locais, a Conifer pode detectar robustamente CNVs e estimar o número de cópia de genes duplicados até ~ 8 cópias com kits de captura de exoma atuais.


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