Cmview. Visualização do mapa de contato facilitada.
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Cmview. Classificação e resumo

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Cmview. Descrição

O Cmview é um aplicativo de visualização e análise de contato interativo e fácil de usar, com base em java e fácil de usar. CmView é uma ferramenta de software para visualizar e analisar a rede de contatos entre resíduos de aminoácidos em uma estrutura proteica. Formalmente, esta rede é um gráfico onde cada resíduo corresponde a um nó e dois nós são conectados por uma borda se e somente se os dois resíduos estiverem em contato. Dois resíduos são considerados em contato se estiverem espacialmente próximos na estrutura tridimensional. No Cmview, a definição de contato é especificada por dois parmeters: o tipo de contato e o corte de distância. O tipo de contato define um subconjunto de átomos do resíduo. Dois resíduos que eu e J estão em contato se dois átomos fora deste subconjunto, um de I e um de J, não estão mais longe do que o corte à distância. A representação da rede de contato como matriz (formalmente, a matriz adjacência do gráfico de contatos) é chamada de mapa de contato. Principais características: combinado mapa de contato e visão de estrutura 3D (usando pymol) Várias opções de importe e exportação: arquivos PDB, PDB on-line, exportação de imagens, formato de previsão de Casp e outros Cálculo de mapas de contato com definições de contato definidas pelo usuário Integração com Pymol para visualização molecular 3d rica em recursos Estrutura e comparação de mapa Contato usando seqüência integrada ou alinhamentos estruturais Mapa da distância, mapa de diferença, análise de densidade de contato

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