Carvão Uma pequena ferramenta para computação de probabilidades de árvores genéticas
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Carvão Descrição

O programa de carvão foi desenvolvido para ser uma pequena ferramenta para computação de probabilidades de árvores genéticas e simulando árvores genéticas em árvores de espécies sob o modelo coalescente. Principais características: calcula probabilidades de topologias de árvores genéticas, dadas uma árvore de espécies fixas com comprimentos de ramo especificados em unidades coalescentes (número de gerações divididas pelo dobro do tamanho da população eficaz para uma população diplóide). . Ambas as árvores são assumidas como bifurcando, embora os comprimentos de galho de árvore de espécies possam ser definidos como zero para se locomover. Múltiplos (ou zero) indivíduos amostrados dentro da espécie são permitidos, mas a notação é específica; Os rótulos para os indivíduos devem ser o nome da espécie seguido por um hífen, depois um número. Por exemplo, se A é um nome de espécie, então os genes amostrados de A devem ser chamados de A-1, A-2, etc. Existem três arquivos de entrada: um arquivo de árvore de espécies com árvores de espécies em formato newick; um arquivo de árvore genético, com árvores genéticas em formato newick; e um arquivo de entrada com comandos, incluindo os nomes de espécies e arquivos de árvore genética, o número de táxons e opções para saída. Opções de saída permitem que as histórias coalescentes sejam listadas ou não. Em caso afirmativo, fórmulas simbólicas para probabilidades de árvores genéticas podem ser fornecidas em termos de termos P_ {UV} (ver papel). Outras opções incluem a impressão da topologia da árvore genética, computando as probabilidades cumulativas para árvores genéticas dentro de cada espécie, e contando o número de histórias coalescentes. Veja o arquivo de ajuda para várias opções. As árvores genéticas podem ser simuladas dentro das árvores de espécies. Atualmente, isso é limitado ao caso de um gene por espécie e requer tamanhos populacionais constantes na árvore de espécies. As árvores genéticas são geradas para que subestres sejam giradas exclusivamente. Por exemplo, se ((a, b), c) é uma subárvore, (c, (a, b)) não será gerado.

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