Bn-bs. Estimativa de comprimentos de ramificação em termos de substituições sinônimas e não-sinônimas
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Bn-bs. Classificação e resumo

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Estimativa estimativa Consolidação do escritório de filial ramo estratégia de filial Filial ActiveX. Comparação de ramificação Taxa de Nonsynonymous. distância sinônima distância não-sinônima distância não nonynymous radical sinônimo Substituição Substituição nonsynonymous Estimativa do comprimento do ramo Comprimento do ramo Nome do ramo de código Ramo de código Filial da biblioteca Acesso de filial sinônimo

Bn-bs. Descrição

O aplicativo BN-BS foi desenvolvido para estimar os comprimentos de ramificação em termos de substituições sinônimos e não-sinônimos por site, enquanto a topologia da árvore é dada. O programa usa o método nei-gojobori modificado para estimar as distâncias sinônimas e não-sinônimos pares entre seqüências atuais e, em seguida, estimativas de comprimentos de ramificação e suas variações usando o método de mínimos quadrados ordinários. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada que contenha as seqüências de DNA de codificação de proteína (consulte Infile para um exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de nucleótidos por seqüência (comprimento da sequência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Apenas A, G, C, T, A, G, C e T são permitidos em sequências. As lacunas devem ser removidas e seqüências devem ser alinhadas de antemão. A última linha do arquivo é a topologia da árvore das seqüências. O formato da árvore é o mesmo que usado no pacote de Phylip (Felsenstein 1995). Observe que a árvore é desrotada, então a tração em vez de bijar é necessária para o nó ramificado mais profundo

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