Biokanga Suíte de aplicativos Bioinformatics de alto desempenho
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Biokanga Classificação e resumo

Biokanga Tag

Analytics. seqüência bioinformática

Biokanga Descrição

A Biokanga é uma coleção de aplicativos BioInformatics de alto desempenho, visando os desafios da próxima geração de análise de sequenciamento. O Kanga é um acrônimo de posição para 'K-Mer Adaptive Next Generation Aligner' e é a principal aplicação. O Biokanga é um alinhador de leitura curta altamente eficiente que incorpora uma compreensão empiricamente derivada da singularidade da sequência dentro de um genoma alvo para permitir o alinhamento robusto do seqüenciador de próxima geração de dados de leitura curtos em qualquer espaço em cores (abi sólido) ou BaseSpace (Illumina). Em comparação com outros alinhadores amplamente utilizados, a Biokanga fornece ganhos substanciais tanto na proporção quanto na qualidade da sequência alinhada lê a eficiência computacional competitiva ou aumentada. Ao contrário da maioria dos outros alinhadores, a Biokanga utiliza as distâncias iniciais entre os alinhamentos putativos para o conjunto do genoma direcionado para qualquer lido como os critérios de aceitação discriminados, em vez de confiar no seqüenciador de escores de qualidade provenientes. Kangadna é o principal componente de um kit de ferramentas adicional de duas partes direcionado para a montagem de Novo de conjuntos de dados de leitura curta NGS. O componente secundário, KANGAHRDX (K-Mer Adaptive Adaptive Next Gen Alinhador Redução da homozigosidade) é principalmente direcionada para a transcriptomia RNA-SEQ, em que as isoformas de transcrição resultam em muitas regiões de compartilhamento de contigs montadas de exons constituintes mais prováveis de alta identidade. Componentes de conjunto de ferramentas: kangex Usado para gerar um banco de dados de pesquisa de matriz de sufixo extremamente otimizado contendo o conjunto de genoma de referência contra os quais os conjuntos de dados de leitura curtos ng devem ser subsequentemente alinhados. KANGAR Este é o componente opcional, que pode ser usado para pré-processar os conjuntos de dados de leitura curtos ng em um formato que é otimizado para carga rápida e eficiente pelo alinhador KANGA. KANGA Kanga é o componente alinhador. São grandes insumos são o banco de dados de montagem do genoma de referência como gerado pelo KanGax, e um conjunto de dados pré-processado Kangar ou os arquivos RAW FASTA / FASTQ Readq. A principal saída do KANGA são os alinhamentos em um dos vários formatos de saída selecionados pelo usuário. Kangadna Kangadna é um montador multifásico ganancioso de Novo com o objetivo primordial de oferecer contigs de maior qualidade de confiança, mesmo que essa qualidade seja obtida ao custo de medidas convencionais reduzidas e / ou contig nxx. Kangadna montou nativamente as leituras de base ou cores (sólidas). kangahrdx O Kangahrdx processará seqüências de contig e identificará regiões que são inter-contig homozigoóticas. As regiões identificadas serão removidas de todos, mas a contig mais longa, resultando em contigs que são mais hetrozygóticas. Isso pode ajudar na análise de transcriptoma de Novo RNA-SEQ ou na montagem de Novo de genomas polypoidic. Geralmente, o KANGAHRDX será executado nos contigs gerados por Kangadna ou de algum outro montador, sendo a única restrição significativa que a entrada deve ser baseada e não espaço de cores.

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