Biodesigner é um visualizador molecular grátis e editor acoplados com um processador de seqüência. O Biodesigner reconhece automaticamente vários tipos de arquivos moleculares. Moléculas podem ser visualizadas usando vários estilos de exibição e esquemas de colorir. As imagens de saída podem ser salvas como arquivos bitmap, postscript ou pov-ray. Correntes de proteína podem ser sobrepostas ou estruturalmente alinhadas. As seqüências de proteínas podem ser editadas e alinhadas usando um processador de seqüência acoplado. Além disso, o programa pode exibir trajetórias de dinâmicas moleculares e torná-las como arquivos AVI.
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