Bamarray. Análise Bayesiana de Variância para Microarrays
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Bamarray. Classificação e resumo

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Bamarray. Descrição

Bamarray é uma aplicação avançada e profissional que implementa a Bam Tehcnique. O BAM é uma nova técnica estatística para detectar genes expressando diferenciais dos dados de microarray. No coração do método é um tipo especial de técnica de detecção de sinal que abala o sinal falso ao deixar apenas o sinal real. Os métodos padrão procuram genes, confiando nas estatísticas do teste elementar usando dados de um gene de cada vez (como testes T ou contrastes de modelos ANOVA). As listas gênicas são obtidas por estatísticas de filtragem tentando controlar o erro geral do tipo, ou a taxa de descoberta falsa, ou filtrando usando um nível de corte especificado pelo usuário. Bam leva uma abordagem fundamentalmente diferente e se concentra em estimar o efeito diferencial de um gene sintetizando informações em todos os genes simultaneamente. Em vez de filtrar genes, os efeitos estimados são mapeados em tipos de padrão. O mecanismo de detecção de sinal especial de Bam encolhe para zero efeitos estimados para os genes, é improvável que possam expressar diferentemente, e consequentemente padrões de interesse se tornam altamente interpretáveis usando ferramentas gráficas de visualização. Os padrões de interesse podem ser genes "hit-and-run" que afetam um sistema biológico por apenas uma certa quantidade de tempo, ou genes envolvidos em todo o processo. O BAM se aplica a projetos experimentais multigrup, como dados coletados em diferentes estágios de uma doença. Outras aplicações incluem crises de tempo de expressão gênica para dados do curso de tempo, detecção do outlier, invariante definir a normalização, mapeamentos de transcriptor do Gene Atlas, além de muitos outros problemas. Principais características: Bamarray é um aplicativo Java amigável que é executado em diferentes sistemas operacionais. Bamarray também pode ser executado sem vigilância no modo de lote iniciado por um arquivo de script. O modo de lote pode processar vários arquivos de dados sequencialmente e salvar a análise resultante para o disco. Escrever scripts projetados personalizados permitem que os usuários interface com diferentes tipos de software, como biocondutor e r. Bamarray tem um recurso de salvamento, permitindo que os usuários salvem os resultados de uma corrida para recuperação posterior. Uma corrida que pode levar minutos para executar pode ser restaurada em apenas alguns segundos usando RESTORE RUN. Salvar Run também pode ser acionado no modo de lote. Projetos experimentais com grupos ilimitados são acomodados. As parcelas de visualização estão disponíveis para identificar tipos específicos de padrões de genes. Bamarray classifica automaticamente os genes em padrões de genes. Bamarray é quase automático e livre de parâmetros de ajuste complicados. A maioria dos métodos estatísticos requer um valor de filtragem especificado pelo usuário para identificar genes significativos. Bamarray fornece um valor automatizado. Varices desiguais em genes e grupos experimentais são sistematicamente tratadas por uma etapa de pré-processamento automatizada que não ameniza ou amplificam artificialmente as diferenças de grupo entre os genes (como visto com outras transformações, como logaritmos). . Ferramentas gráficas usando zoom-in e lassoing permitem que os usuários gerem listas de genes. Os rótulos do gene podem ser ativados ou desligados, permitindo que os genes de interesse sejam facilmente identificados. Genes específicos podem ser destacados usando uma lista suspensa ou preenchendo uma lista de rastreamento de etiquetas do gene encontradas em um arquivo existente. Listas de genes podem ser exportadas. As listas de exportação podem ser automatizadas usando o modo em lote. As figuras podem ser salvas como gráficos coloridos de qualidade de publicação. parcelas para testar as suposições subjacentes do modelo são incluídas como parte da suíte gráfica. suporta JRE 6.

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