Asatura. Demonstrar saturação em seqüências de nucleotídeos
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Asatura. Classificação e resumo

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Asatura. Descrição

A maneira usual de demonstrar a saturação em sequências nucleotídicas é traçar a fração de diferenças entre as seqüências contra a distância evolutiva, separando-as. Quando o número de diferenças observadas, por exemplo, para a fração de terceiros posições de códon, não aumenta mais com a distância evolutiva, a sequência é dita ser saturada. A mesma técnica pode ser aplicada às seqüências de aminoácidos (AA). Desenvolvemos um aplicativo Java chamado Asatura que discrimina substituições AA com altas e baixas probabilidades de ocorrência. Todas as substituições AA são definidas como "frequentes" ou como "raras", dependendo de suas probabilidades de mutação, que são inferidas de matrizes de probabilidade de substituição, como o conhecido Pam e Blosum. Estas 20 por 20 matrizes fornecem as probabilidades empiricamente derivadas de uma AA sendo substituídas por outra quando sequências divergiram sobre uma certa distância evolutiva. A aplicação Asatura classificará todas as substituições de acordo com essas probabilidades e um valor de "corte" de probabilidade pode ser escolhido que diferencia entre substituições frequentes e raras. Para cada par de sequência, o programa trama o número de substituições frequentes e raras de raras observadas contra sua distância evolutiva. Ao modificar a probabilidade de substituição 'valor de corte', o número de substituições AA classificadas como freqüentes ou raras podem ser alteradas. Idealmente, a seleção cuidadosa do valor "Cut-Off" divide os dados originais definidos em um saturado e insaturado. Além das matrizes de probabilidade de substituição mais utilizada, como Pam, Blosum, MTREV24 e JTT, matrizes definidas pelo usuário também podem ser usadas.

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