Antepassado Inferência de sequências de aminoácidos ancestrais pelo método Bayesiano à distância
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Antepassado Descrição

O aplicativo ancestral foi projetado para inferir sequências ancestrais de aminoácidos de um conjunto de sequências homólogas de aminoácidos cujas relações filogenéticas são conhecidas. Este pacote contém um programa: Ancestor.exe, que é escrito na linguagem C. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada que contenha as sequências de aminoácidos e a topologia da árvore dessas seqüências (consulte Lysozyme.AA por exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de sites de aminoácidos (comprimento da sequência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Apenas o código de uma letra (capitalizado) para os 20 aminoácidos são permitidos nas sequências. As seqüências devem ser alinhadas e lacunas ou quaisquer outros símbolos já serem removidos. A última linha do arquivo é a topologia da árvore das seqüências. O formato da árvore é o mesmo que usado no pacote de Phylip (Felsenstein 1995). Observe que a árvore é desrotada, então a tração em vez de bijar é necessária para o nó ramificado mais profundo

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