Ammp. uma mecânica molecular completa moderna
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Ammp. Classificação e resumo

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Ammp. Descrição

O aplicativo AMMP foi desenvolvido para ser uma moderna mecânica molecular completa, dinâmica e modelagem. Pode manipular ambas as pequenas moléculas e macromoléculas, incluindo proteínas, ácidos nucleicos e outros polímeros. Além dos recursos padrão, como dinâmica molecular numericamente estável, método multifuncional rápido para incluir todos os átomos no cálculo de potenciais de longo alcance e otimizadores estruturais robustos, tem uma escolha flexível de potenciais e uma capacidade simples, mas poderosa de manipular moléculas e analisar termos de energia. Uma grande vantagem sobre muitos outros programas é que é fácil introduzir vínculos de polímeros não padrão, ligandos incomuns ou resíduos não padrão. Adicionando átomos de hidrogênio ausentes e completando estruturas parciais, que são difíceis para muitos programas, são diretamente no AMMP. AMMP só entende sua própria linguagem. Você lê um arquivo de coordenada existente, compilando-o na linguagem AMMP. O programa preammp (Prewin) faz isso. O Prammp pode ser executado por conta própria, ou chamado do menu Arquivo em AMMP95. O pré-amplificador requer várias entradas. Você será solicitado a cada um deles com um menu de opções de arquivo do Windows. Se você não gosta disso, simplesmente cancele a janela e insira o nome do arquivo na janela Prewin Man (isso é mais simples de fazer do que descrever!). Quando você não tem um arquivo, como ao gerar coordenadas a partir do zero, você precisará cancelar o menu do Windows File Choice e, em seguida, insira o retorno para a janela principal. O preammp só funciona um resíduo de cada vez. Você precisará fornecer a ligação do intermonomer em um polímero. Scripts como peplink.amp (para proteínas) e ndick.amp (para ligação padrão de DNA / RNA) são fornecidos. Estes foram gerados gerando o modelo para o dímero e extraindo os termos apropriados. Eles também são um bom lugar para ver como manipular átomos e potenciais em um script automático. Para criar uma nova molécula, você precisa primeiro definir um modelo. Você então executa preammp. Quando o Prammp pede um conjunto de coordenadas, não digite nenhum nome de arquivo. Ao contrário da caixa da molécula existente, o pré-amplificador não será capaz de procurar automaticamente o tipo de molécula das coordenadas. Então você será solicitado a inserir um nome da molécula. Isso é limitado a três caracteres para caber no formato PDB. (Desculpe por isso, mas é assim que é).

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