A bancada de bancada de pequeno RNA Uea suite de ferramentas para analisar pequenos dados de RNA de dispositivos de sequenciamento de próxima geração
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O UEA Small RNA Workbench é um aplicativo desenvolvido para ajudar os biólogos a analisar dados de srna simples ou múltipla de plantas e animais. Você pode usar este aplicativo para identificar pontos de referência interessantes (como a detecção de novas seqüências de micro rna) ou outras tarefas, como padrões de expressão de RNA pequenos de perfil em dados genéticos. Principais características: Removedor do Adaptador: Remove fragmentos do adaptador a partir de dados de sequência de leitura curta crua e dados de saídas para Fasta Format. Filtro: produz uma versão filtrada de um conjunto de dados SRNA, controlado por vários critérios definidos pelo usuário, incluindo comprimento de sequência, abundância, complexidade, transferência e remoção de RNA ribossômica. Mircat (Categorização de Mirna): prevê mirnas maduras e seus precursores de um conjunto de dados SRNA e um genoma. SILOCO (comparação de locus de RNA interferente curta): compara os níveis de expressão do SRNA em várias amostras agrupando SRNAs em loci com base na localização genômica. Ta-Sirna (RNA interferente curto trans-agindo): previsão de ta-sirnas fases nos conjuntos de dados da planta SRNA. Mirprof (Profiler Mirna): Determina níveis de expressão normalizados de SRNAs correspondentes mirnas conhecidas em Mirbase. Anotação do Hairpin: gera uma estrutura secundária de uma sequência de RNA e destaca regiões de interesse usando o RNAPLOT. Vissr (visualização de SRNAS): gerar uma representação visual dos recursos genômicos importados pelo SRNAs e do usuário. Paresnip: Identifique os alvos de Mirna evidenciados através do degradação

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