3dicsi. Analise dados CSI rápidos e fáceis.
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3dicsi. Descrição

3DICSI é um aplicativo pequeno, simples e fácil de usar desenvolvido para ajudá-lo a interpretar dados de criação de imagens químicas (CSI). Ele combina visualização de dados, processamento espectral, localização espectral e estimativa, quantificação espectral, juntamente com procedimentos analíticos multi-variados, como análise de componentes principais (PCA) e fatorização de matriz não negativa restrita (CNMF). Em particular, a CNMF fornece uma maneira eficiente de recuperar padrões espectrais subjacentes que são fisicamente significativos. Principais características: Entrada e visualização de dados: Importação automática de dados crus 1D / 2D / 3D CSI da Philips, GE, Siemens e Scanners Bruker. Qualquer tipo de dados desconhecido pode ser importado para inserir manualmente parâmetros. Quaisquer formatos adicionais também são suportados por meio de plug-ins de terceiros. Dados CSI e imagens de referência anatômicas são registradas e exibidas na mesma janela. Cada voxel é exibido em uma janela separada, sua localização espacial claramente visualizada nas três janelas de imagem ortogonal. Reconstrução de imagem 3D de imagens em uma orientação. processamento de dados espectral multidimensional: fase constante e correção de fase linear. Filtragem Temporal (Lorentzian, Gaussian ou Combinada). alisamento espacial (biar, cosseno, fermi). correção de linha de base. Supressão de água. Ajuste de origem PPM e enchimento zero. supressão lipídica. alinhamento de pico. processamento em lote: Sequência de etapas de processamento pode ser gravada em um arquivo de macro e aplicada ao conjunto de dados CSI. O mesmo arquivo de macro pode ser aplicado a uma série de exames em um modo de lote. Localização Espectral: Voxel interativo facilitado ao mouse em tempo real mudando em todas as 3 dimensões. média de vários voxels selecionados. Estimativa espectral de um usuário desenhado 2D / 3D Região de interesse. Análise espectral multi-variado: Análise de componentes principais (PCA) para a região espectral definida pelo usuário e ROI, para identificar componentes principais (PCs) para as fontes de variação contidas no conjunto de dados CSI. Procedimento de alinhamento iterativo baseado em PCA para remover variações de frequência e fase. Método de Factorização de Matriz Não-negativo (CNMF) para recuperar padrões espectrais e suas distribuições espaciais que são fisicamente significativas. Quantificação espectral: Geração de mapa metabólica usando a integração da área e o PCA. Geração de Mapa para a taxa de pico e para regiões definidas pelo usuário. Quantificação absoluta da concentração do metabólito usando o espectro de referência. Ajuste de escala de exibição do mapa para permitir a comparação entre diferentes conjuntos. Integração espectral com correção de linha de base controlada pelo usuário. Saída de dados: Várias opções de saída de resultados, como relatório de formato HTML, fatia de CSI e impressão de imagens, exibir funções de cópia e pasta, espectrais ASCII / exportação binária, exportação de imagem metabólica. Extensibilidade do programa : Mecanismo plug-in para suportar o módulo de importação de dados CSI desenvolvido por terceiros.

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