Sistema de função iterado visualize facilmente grandes genomas
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visualizar Visualizar Genoma ver o genoma Genome Viewer. visualizador de genoma

Sistema de função iterado Descrição

Visualizar facilmente grandes genomas O sistema de função iterado é uma ferramenta gratuita e fácil de usar para visualização de grandes genomas da representação do jogo CHAOS CGR (Jeffrey 1990). CGR transforma a sequência de DNA para a imagem colorida (figura à direita). Cada pixel corresponde a uma curta sequência de n símbolos chamados N-Mer. A cor do pixel reflete a frequência N MER na sequência analisada. O parâmetro principal da visualização, isto é, a região em geral empregado na visualização é controlado por slider no topo da janela. O usuário pode especificar a região diretamente inserindo posição inicial e comprimento ou usando o controle deslizante para mover a região rapidamente através do genoma. A posição real e a duração da região é exibida no controle deslizante como uma barra vermelha com o tamanho correspondente. O formato de GeneBank pode incluir especificação de características genômicas, como genes, mRNA, etc. Estes são extraídos do arquivo de entrada e listados na parte da janela. Depois que um usuário seleciona recursos, sua descrição é exibida na parte direita. O botão Visualize pode ser usado para visualizar o recurso selecionado imediatamente. Isso nos permite analisar facilmente partes importantes do genoma simplesmente por um único clique. Parâmetros de visualização listados na seção Configurações de visualização. Gama de cores, isto é, a transformação da frequência do oligómero para colorir o calor pode ser ajustada. O valor mínimo é mostrado em azul e no máximo em cor vermelha. Quando o ajuste automático da faixa de cores é escolhido, o valor máximo é sempre recalculado para exibir o oligómero mais frequente na cor vermelha. Destacao de oligómeros com baixa e alta frequência simultaneamente pode ser alcançado por escala logarítmica de cores de calor, isto é, o log (contagem) é aplicado ao valor do contador.

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